Universitas Ahmad Dahlan (UAD) merupakan pengembangan dari Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Muhammadiyah Yogyakarta. IKIP Muhammadiyah Yogyakarta sebagai Lembaga Pendidikan Tinggi merupakan pengembangan FKIP Muhammadiyah Cabang Jakarta di Yogyakarta yang didirikan pada 18 November 1960. FKIP Muhamadiyah merupakan kelanjutan kursus BI Muhammadiyah di Yogyakarta yang didirikan tahun 1957, pada waktu itu kursus BI memiliki Jurusan Ilmu Mendidik, Civic Hukum dan Ekonomi. Pada 19 Desember 1994 dengan Surat Keputusan (SK) Mentri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No : 102 /D0/1994 ditetapkan bahwa IKIP Muhamadiyah Yogyakarta beralih fungsi menjadi Universitas Ahmad Dahlan.
Fakultas Agama Islam Universitas Ahmad Dahlan didirikan pada tgl 22 Januari 1996 oleh rektor Universitas Ahmad Dahlan yaitu Prof. Dr. H. Noeng Muhadjir. Pada awal mula didirikan pada tahun 1996, Fakultas ini diberi nama Fakultas Agama Islam (FAI). Saat itu FAI UAD membuka 2 program studi, yaitu program studi Bahasa dan Sastra Arab (BSA) dan Program Studi Tafsir Hadits (TH) yang bertujuan untuk melaksanakan misi dakwah islam; amar ma’ruf nahi mungkar di lingkungan persyarikatan Muhammadiyah dan Umat Islam pada umumnya. Pada tanggal 13 Agustus 2014 berdasarkan SK. Dirjen Pendidikan Islam No.4468/2014, tentang penggabungan STIT Muhammadiyah Wates dengan FAI UAD Yogyakarta, maka FAI UAD bertambah 1 (satu) Prodi yaitu PAI (Pendidikan Agama Islam). Dan berdasarkan SK Nomor 5374 Tahun 2016 bertambah 1 (satu) Prodi lagi yaitu Prodi Perbankan Syariah.